Efter Striking Venoms angreb på Sentai Fortress bliver EXO-FORCE hovedkvarteret så voldsomt beskadiget, at det ikke længere kan bruges som base. På Sensei Keikens befaling tager Ryo, Takeshi og Hikaru op til Sentai bjerget for at finde den legendariske Gyldne By, hvor der efter sigende skal være nogle fantastiske, gamle teknologier og hemmeligheder, som man kun kan få adgang til med en kode, der er skjult et sted i bjerget.

De tre helte opdager Den Gyldne By, som længe har været forsvundet, og EXO-FORCE teamet flytter til byen, men det lykkes robotterne at anbringe en skjult sender på computeren i det centrale tårn, så de kan opsnappe alle informationer om koderne. Menneskene og robotterne kæmper utallige gange mod hinanden om koderne, og selvom EXO-FORCE erobrer de fleste af dem, falder nogle få særligt værdifulde koder i hænderne på Meca One, robotternes gyldne leder.

En af koderne gør det muligt for robotterne at bygge en bro over kløften mellem de to halvdele af Sentai bjerget, så de får direkte adgang til Den Gyldne By. Men en af EXO-FORCE teamets koder forpurrer dette ved at udsende et elektronisk støjfelt fra tårnet, som forhindrer robotternes kredsløb i at fungere inden for byens mure. Kun Meca One og hans kopier er immune over for støjfeltet.

En ændret Meca One kopi infiltrerer Den Gyldne By og udgiver sig for at være EXO-FORCE lederen Sensei Keiken, der er blevet narret ud af byen og taget til fange af robotterne. Forklædt som Keiken ødelægger kopien den maskine, der udsender støjfeltet. Derefter indleder den rigtige Meca One straks et voldsomt angreb mod Den Gyldne By, anført af den enorme mobile kampbase Mobile Devastator.

Selvom EXO-FORCE heltene får afværget angrebet, bliver Den Gyldne Bys computer svært beskadiget under kampen. Den når kun lige at fortælle, at der findes en gammel forpost, oprettet af byens grundlæggere, ved foden af Sentai bjerget, før den bryder fuldstændig sammen. EXO-FORCE teamet tror, at robotterne måske har ført Sensei Keiken derhen, og beslutter at følge efter.

DEN NYE MISSION
Sensei Keiken har optaget en videomeddelelse i tilfælde af, at robotterne tog ham til fange. Han vidste, at Meca One ville føre ham til forposten ved foden af bjerget og har derfor lavet en nødplan til teamet. Hitomi bliver meget overrasket, da hun opdager, at han har gjort hende til EXO-FORCE leder i hans fravær.

Han har beordret Den Gyldne By til at bygge fire nye kampmaskiner, som er specialudviklet til jungleinfiltration og junglekamp, til Ryo, Ha-Ya-To, Hikaru og Takeshi. I sin videooptagelse giver han dem en ny mission: for enhver pris at forhindre Meca One i at føre sine planer ud i livet ved bjergets fod … selvom det betyder, at Sensei Keikens eget liv må ofres.

Fast besluttede på at redde deres mentor og leder stiger EXO-FORCE teamet ind i deres nye kampmaskiner og begiver sig ned ad bjerget mod den uudforskede jungle dybt nede.

Imens brager Meca One gennem junglen endnu længere nede i sin Mobile Devastator, med Sensei Keiken som fange i en af maskinens kapsler. Det er usandsynligt, at han finder den skjulte forpost på egen hånd, inden Keikens hukommelse er helt gennemscannet, men han har tænkt sig at prøve. For når han endelig finder det sted, hvor han er skabt, har han ikke længere brug for sin skaber og mest forhadte fjende.

Operationen bliver mere kommandopræget i 2008. EXO-FORCE teamet skal overleve robotternes bagholdsangreb og de gamle grundlæggeres fælder, mens de både leder efter Mobile Devastator og den skjulte forpost. Der vil være mange spejdere, spioner, raids og overraskelsesangreb, og der vil komme mange hårde kampe i junglekrigen.